孙悟空的师父菩提祖师就是如来佛祖所化，证据有三。
第一，菩提祖师住在西牛贺洲灵台方寸山斜月三星洞。书中如此描述菩提祖师：大觉金仙没垢姿，西方妙相祖菩提；不生不灭三三行，全气全神万万慈。空寂自然随变化，真如本性任为之；与天同寿庄严体，历劫明心大法师。大觉金仙是宋徽宗时对如来佛的称谓。《宋史·徽宗纪四》：“宣和元年春正月乙卯，诏：佛改号大觉金仙，馀为仙人大士，僧为德士，女冠为女道，尼为女德。”明沈德符《野获编补遗·释道·废佛氏》：“宋宣和中除佛教，改佛为大觉金仙，佛寺为神霄宫，僧加冠簪为德士。其事皆徽宗独断。”宋徽宗尊崇道教，自称道君皇帝，当了皇帝干的第一件事就是废除佛教，改佛为道，称如来佛为大觉金仙，诸佛菩萨金刚罗汉等为仙人大士，改佛寺为神霄宫，僧为德士。所以菩提祖师就是如来佛祖。如来一词梵语Tathāgata，tatha 是如，agata 是来，意为“如佛而来”。菩提祖师“真如本性任为之”，因为他本性就是如来佛，所以能够任意为之。
第二，如来降服孙悟空时说：你这个初世为人的畜生，趁早皈依，切莫胡说！但恐遭了毒手，性命顷刻而休，可惜了你的本来面目！如来对猴子谆谆劝导，你赶紧皈依了我吧，再不皈依就会小命不保遭了毒手。还恐吓他，切莫胡说。其实猴子除了舞弄个棒子，啥都没说啊，为啥如来有这么一句呢。如来怕他胡咧咧啥呢。菩提祖师在猴子下山时警告他：凭你怎么惹祸行凶，却不许说是我的徒弟。你说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮锉骨，将神魂贬在九幽之处，教你万劫不得翻身。如来这里的切莫胡说就是当面警告猴头，识相点，嘴上留个把门的，切莫说出你的师父就是我。如果说出半个字，就把你的神魂贬在九幽之处，可惜了你本来面目。
猴子的本来面目是什么？他在灵霄殿外和三十六员雷将干仗时变成三头六臂，好似纺车儿一般滴流流在那垓心里飞舞。圆陀陀，光灼灼，入火不能焚，入水何曾溺？光明一颗摩尼珠，剑戟刀枪伤不着。说的很明白，孙悟空就是一颗摩尼珠。三头六臂就是孙悟空的本相，唐僧被红孩儿掳走，孙悟空找了半天没找着，心里焦急，将身一纵跳上巅险峰头，变作三头六臂，似那大闹天宫的本象。西游记中还有一个三头六臂本相的神仙就是哪吒，哪吒是如来用荷叶莲藕做的，孙悟空是如来用摩尼珠做的。孙悟空和哪吒干仗时也变作三头六臂，只见：六臂哪吒太子，天生美石猴王，相逢真对手，正遇本源流。啥叫正遇本源流，意思两人是从一个源头出来的，这个源头就是如来佛。孙悟空到地府删勾魂簿，直到魂字一千三百五十号，方注着孙悟空名字，乃天产石猴，该寿三百四十二岁，善终。就是说孙悟空是摩尼珠的魂魄附着在花果山灵石上孕育而成，哪吒是自己的魂魄附着在荷叶莲藕上重生，两人一个路子。
第三，孙悟空和金角银角干仗时变成小妖去请九尾狐狸，走到门口不敢进去，只在二门外仵着脸，脱脱的哭起来，心中想道：“老孙既显手段，变做小妖，来请这老怪，没有个直直的站了说话之理，一定见他磕头才是。我为人做了一场好汉，止拜了三个人：西天拜佛祖；南海拜观音；两界山师父救了我，我拜了他四拜。”但是孙悟空在此之前只和如来大闹天宫时干过一仗，很快被如来一掌压在五行山下，他就从来没拜过如来。他在西天唯一拜过的就是菩提祖师。所以这里的佛祖就是菩提祖师，也就是如来佛祖。再说了在西天敢称佛祖的也就只有如来，燃灯佛是如来的长辈，也只称古佛，不称佛祖。但是菩提祖师也在西天混，却敢自称祖师，可见他就是万佛之祖，也就是如来佛所化。
参考书目：《西游记》